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合同是稅務規劃管理中很重要的一環，對于營改增后，發票的獲取程度直接影響到增值稅的負擔情況。因此，在合同中對相關發票條款進行約定顯得尤為重要。
(一)明確按規定提供發票的義務
《發票管理辦法》第二十條規定，銷售商品、提供服務以及從事其他經營活動的單位和個人，對外發生經營業務收取款項，收款方應當向付款方開具發票;特殊情況下，由付款方向收款方開具發票。
企業向供應商(承包商)采購貨物或提供勞務，應當在合同中明確供應商(承包商)按規定提供發票的義務。
(二)明確提供發票的時間要求
購買、銷售貨物或提供勞務，有不同的結算方式，企業在采購接受時，必須結合自身的情況，在合同中明確結算方式，并明確供應商(承包商)提供發票的時間。可以更大程度保證企業自身利益，避免糾紛(如先款還是先票的問題)。
在增值稅一般計稅方法下，由于存在增值稅專用發票抵扣的問題，因此，一般建議企業掌握好取票進度。企業可在合同中明確提供發票的時間如按進度等，但供應商(承包商)在開具發票時必須先通知企業，并在驗證發票符合規定后方付款。
(三)明確提供發票類型、稅率的要求
同一稅種可能存在多種稅目，各稅目的稅率差別也較大。供應商(承包商)在開具發票時，為了減輕自己的稅負，可能會開具低稅率的發票，甚至提供與實際業務不符的發票。
在營改增后，主要的矛盾是承包方可能存在采取一般計稅方法、簡易計稅方法、小規模納稅人征稅率等方式的不同。如果僅是在合同中約定“合規發票”則有可能不能最大程度地取得增值稅專用發票，相關的進項稅額不能有效抵扣。
因此，有必要在合同中明確供應商(承包商)提供發票的類型和適用稅率。比如在建筑承包合同中可以約定對方需要提供“稅率為11%的建筑服務增值稅專用發票”。
當然，也可以采取按不含稅價簽訂合同，這需要企業對營改增后的計價方式有比較充分的熟悉、了解。
(四)明確發票不符合規定所導致的賠償責任
企業采購時不能取得發票，或者取得的發票不符合規定都會導致企業的損失。為防止發票問題所導致的損失，企業在采購合同中應當明確供應商(承包商)對發票問題的賠償責任，明確以下內容：
1、明確因供應商(承包商)不及時提供、交付發票或提供的發票不符合規定而造成本企業損失的，供應商(承包商)負有民事賠償責任的規定。
2、明確企業因供應商(承包商)提供的發票而被稅務機關調查，供應商(承包商)有協助配合企業做好調查、解釋、說明工作的義務。
3、明確若存在退貨退款、返利、折讓等事項，供應商(承包商)應提供證明和開具紅字專用發票的義務。
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